“大肠水疗”并非新鲜事物。它拥有悠久历史的古代中国、印度、埃及等国家都有大肠疗法的历史记载。自古至今，中西医皆有“大肠是百病之源”的理论。

大肠水疗一词起源于1930年，所谓大肠水疗，就是用水（而不是使用药物或化学制剂）对整个大肠进行内部清洗。我国医学界也早就认识到大肠水疗对人体健康的作用，早期民间一些知识阶层家族中都有定期洗肠的习惯。 据文献记载：从公元前1500年开始人类就利用结肠灌肠来治疗某些疾病，在公元前四、五世纪，古希腊医师希波克拉底已经记录了使用灌肠来治疗发热。随着对人体解剖生理的不断认识和医学科学的发展，结肠灌洗逐步获得了新生并逐渐开始流行。